根據云投集團管控要求以及醫投公司行業特點，從有利于公司經營管理、項目建設、資本運作、資源整合的角度，縮短管理鏈、降低管理成本，公司機構設置6個部門和3個事業部，即綜合管理部、黨委工作部、紀檢風控部、財務管理部、規劃建設部、經營管理部、醫療IT事業部、教育衛生扶貧事業部、醫藥事業發展部。